The treasures of this museum are the mosaics, dating from VI-IX centuries. After the church was transformed into a mosque, the mosaics have been covered by plaster. On 1847 they have been restored in order to be registered, an then covered again. On 1894 a big earthquake destroyed parts of the church and, probably, some mosaics, which have not been found again, at the restauration in 1931.

Biserica de 1400 ani vechime a fost inaugurata de imparatul Constantin al II-lea, in 360. In acea vreme, era o basilica cu acoperis din lemn, cladita pe locul unui templu pagan. Aceasta a ars insa, in timpul unei revolte din 404. Din ordinul lui Theodossius al II-lea biserica a fost reconstruita dar nici istoria sa nu este prea lunga: 405-532, cand este din nou distrusa in timpul altei revolte. Cel care o reconstruieste de data asta este  Justinian cel Mare, care o inaugureaza in 537. Materiale au fost aduse din tot imperiul: din Siria, piatra galbena, din Egipt, porfir, iar de la Templul din lui Artemis din Ephes, Coloanele elenice. Dupa cucerirea Constantinopolului (1453), sultanul Mehmet II a ordonat transformarea ei in moschee. Sultanii care au urmat, au tot adaugat cate ceva. Astfel, forma originala i-a fost schimbata prin construirea, in timp, a unor contraforti, precum si a unor minarete din caramida. Vizitatorii din vest aveau nevoie de un firman (aprobare) de la sultan pentru a o putea vizita. Mustafa Kemal Ataturk, fondatorul Turciei moderne, a hotarat transformarea moscheii intr-un muzeu, in 1931. Muzeul a fost dechis in 1935.

Interiorul (naosul) copleseste prin cupola imensa, inalta de 56 m. Initial, acolo existau mozaicuri (pana in sec. al XIX-lea), acum este decorata cu inscriptii din Coran. La etaj, unde se afla adevaratele comori – mozaicurile bizantine, datand din secolele VI-IX – se urca pe un plan inclinat, pietruit. Dupa transformarea in moschee, mozaicurile au fost acoperite cu ciment. In 1847 a avut loc o restaurare a lor, cu scopul inregistrarii dar, in 1894, a avut loc un mare cutremur care a distrus parti din biserica si probabil si mozaicuri deoarece la dezvelirea din 1931 ele nu au mai fost gasite.